中国民族博物馆内设机构为9个：办公室（人事处）、财务处、工程建设管理处、收藏部、历史文化遗产部、非遗部、展陈部、研究部、信息中心。其中收藏部、历史文化遗产部、非遗部、展陈部、研究部、信息中心6个机构为业务部门。
一、办公室（人事处）
负责拟定本馆中长期发展规划和统筹年度工作计划，并做好综合协调与督察；负责党务工作；负责纪检监察工作；负责本馆文电、会务、机要保密、印信、档案等日常工作；负责新闻宣传、公务接待、馆内外舆情信息监测工作；负责外事工作；负责本馆法律事务工作；负责安全保卫及车辆管理工作；负责人事、工资、职称和社保管理工作；负责离退休干部管理工作；指导党支部、工会、共青团、妇女组织做好组织建设工作；完成馆领导交办的其他工作任务。
二、财务处
负责本馆财务收支预算、决算的统筹管理工作，负责预算执行审核监督和内部控制综合协调管理工作；负责各类财务报表、财务统计报表的汇总、编报工作；负责财务管理、会计核算、工资发放以及社会保险、住房公积金的收缴存付工作；负责公费医疗保障工作；完成馆领导交办的其他工作任务。
三、工程建设管理处
负责中国民族博物馆工程项目建设管理和办公区域运行服务保障工作；负责本馆国有资产配置、使用、处置和账务管理工作；负责拟定政府采购计划并组织实施；负责职工社会化保障性住房的协调落实工作；负责住房制度改革等管理工作；负责办公区物业管理和其他后勤服务管理工作；承办馆领导交办的其他工作任务。
四、收藏部
负责民族物质文化遗产的调查、研究、抢救、保护和文物藏品征集工作的统筹与组织实施；负责藏品库房的管理；负责藏品信息管理、安全管理及技术保护工作；负责开展本馆文物鉴定和定级工作；依托馆藏文物藏品和资料开展文物藏品研究工作；配合馆内外业务，做好藏品出入库管理工作；完成馆领导交办的其他工作任务。
五、历史文化遗产部
负责研究、征集反映各民族起源与发展历史进程的实物和资料；负责研究、征集反映中国不同历史时期民族关系、民族政策以及各民族政治、经济、文化、社会等方面发展成就的实物和资料；负责研究、征集反映中国共产党成立以来中国特色解决民族问题正确道路的实物和资料；策划和实施相关内容的陈列展览；完成馆领导交办的其他工作任务。
六、非遗部
负责民族非物质文化遗产研究、整理、抢救、保护和有关征集工作；开展非物质文化遗产展览展示等传播交流活动；负责民族非物质文化遗产代表性项目名录的资源库建设；开展当代民族艺术品的研究、收藏和展览展示工作；负责民族传统文化元素的研究与整理，组织开展民族文化创意产品项目研发工作；完成馆领导交办的其他工作任务。
七、展陈部
负责统筹协调本馆陈列展览工作以及组织实施展览项目；负责博物馆展览项目的对外宣传、报道和形象推广；负责陈列展览相关领域的学术研究、理念创新和新技术应用；根据陈列展览需要开展展陈品的收集、整理和征集工作；负责开展形式多样的社会教育活动；完成馆领导交办的其他工作任务。
八、研究部
负责统筹协调、组织实施本馆科研工作，组织开展民族文化遗产保护与实践、博物馆行业发展态势与实践以及博物馆人类学理论的应用与实践等相关课题研究；负责研究、征集反映民族学人类学领域重点人物、重要事件、重要成果的实物和资料，策划和实施相关内容的展览；定期发布研究报告，编辑出版相关学术研究成果和有关民族文化遗产出版物；完成馆领导交办的其他工作任务
九、信息中心
负责民族文化遗产数字信息资源的研究、收集、整理和征集工作；负责民族文化遗产数据库建设工作；负责本馆数字化应用系统、虚拟展览展示项目的研发和维护；负责本馆官方网站和微信平台管理和维护；负责本馆重要活动的数据信息采集管理工作；负责网络安全管理；负责图书资料库建设；完成馆领导交办的其他工作任务。
